Проблемним питанням для Новотроїцького УВГ є інтенсивне розмноження та ріст водяної рослинності під час підвищення температури води в каналах, що є причиною виникнення суттєвих перешкод в експлуатації каналів  у проектному режимі. При цьому, розростання водоростей у міжгосподарській мережі призводить до зниження рівнів води в каналах і загрози зупинки насосних станцій зрошення. Одним із методів боротьби з водною рослинністю є очищення сміттєутримуючих решіток, сіток, касет  вручну, в період цвітіння води, з дуже частою періодичністю. На фото проводиться очистка каналу Р-3, водорості та сміття складаються у тимчасові купи, які вивозять на сміттєзвалища.